A la fin du collège, les élèves entrent en deuxième cycle ou lycée. Le lycée général et technologique comprend trois classes : la classe de seconde, la première et la terminale.
Au Lycée Marianne, les élèves suivent le programme de l'Éducation nationale française. La deuxième classe est commune à tous les élèves. Ils devront y faire face à de nombreux changements. Le rythme des cours s'intensifie, les professeurs leur laisseront beaucoup plus d'autonomie et ils devront faire face à des choix très importants pour leur avenir. C'est le moment de décider s'ils sont disposés à poursuivre leurs études dans l'une des voies générales ou technologiques. C'est à l'issue de ce cours qu'ils pourront choisir leur voie.
Ceux qui optent pour la filière générale devront choisir 3 filières spécialisées. Et ceux qui opteront pour la voie technologique devront choisir une seule spécialité.
En seconde il y a 10 enseignements obligatoires communs à tous les élèves : Français, Mathématiques, Histoire-Géographie, Éducation morale et civique, Langues vivantes, Sciences économiques et sociales, Sciences de la vie et de la terre, Physique-chimie, Technologie, Éducation physique et sportive, Numérique et sciences technologiques.